一九五三年秋，錢穆先生創辦本所，以研究中國人文學術，保存及發揚中國文化為宗旨。開辦之初，規模甚小，及得哈佛燕京學社資助，乃於一九五五年秋季開始公開招考研究生，導師有錢穆、唐君毅、牟潤孫、潘重規諸先生。研究生修業及格，論文經審查通過，畢業授予碩士學位。一九六二年增設「東南亞研究室」，聘東南亞史地學者陳荊和教授主持。稍後陸續增聘之名師有嚴耕望、全漢昇、牟宗三、王德昭、徐復觀、羅夢冊諸先生。

一九六三年，香港中文大學成立時，新亞書院為成員學院之一，本所為新亞書院之附屬研究所。一九七四年七月，本所脫離中文大學新亞書院，改隸「新亞教育文化基金會」，以保存及發揚中國文化為宗旨，致力促進中國歷史文化教育及研究中國人文學術。

本所自創辦以來，致力學術研究出版，已出版專書五十餘種，《中國學人》六期，《新亞研究所通訊》九期；而《新亞學報》至今不輟出版，並由三十一卷起，於華藝線上電子圖書館同步；學報舊刊亦陸續掃描上載。

二十一世紀以降，本所繼前賢保存及發揚中國文化之理念，於2015年增設「誠明學社」，秉承宋明書院自由講學的精神，以有教無類、活潑開放的方式，傳播中國傳統學問與價值。2019年，分別成立「琴學中心」、「佛學中心」及「亞太研究中心」，以此三範疇之學術研究為發端，繼往開來，於各個領域開展研究工作，發揚「新亞人文精神」。